1) Asamblea General: máximo órgano de representatividad y toma de grandes decisiones. Integrada por todas las socias de AGIMS. En la actualidad 2 mil socias.
2) Junta Directiva: órgano que dirige la organización, electo cada 2 años. Con 7 cargos: presidenta, vicepresidenta, Tesorera, secretaria, Vocal 1, Vocal 2 y Vocal 3.
3) Consejo Político: órgano de consejería y apoyo a la JD para toma de decisiones. Integrado por 15 mujeres ancianas, jóvenes y adultas.
4) Equipo de trabajo: responsable de llevar adelante los planes y proyectos de AGIMS, y rendir cuentas a JD, Consejo Político y Asamblea. Integrado por el por personal contratado.